Il y a plusieurs manières d'utiliser JGenea suivant les besoins que l'on a. Elle fonctionne de pair avec une base de données relationnelles pour tout ce qui concerne les données: par défaut nous utilisons Hypersonic, une base relationnelle opensource écrite en java. Il est cependant pour possible d'utiliser n'importe quelle base relationnelle supportant le sql.

Une base de type Hypersonic est fourni avec la distribution. Elle est pré-remplie avec les informations concernant les pays, départements, communes et types d'actes. Celle-ci peut être employée comme base uniquement utilisable par JGenea Ihm et ne peut donc recevoir qu'une connexion à la fois. Elle peut également être utilisée en mode client / serveur et donc être partagée par un ou plusieurs JGenea Ihm ( en local ou sur une machine distante ) et par un ou plusieurs JGenea Web. Nous verrons de manière contrète dans le paragraphe Configuration comment paramétrer ces différents cas.

JGenea ( Ihm & Web ) peut être configuré pour pointer sur plusieurs bases de données. Dans ce cas, au lancement ( pour JGenea Ihm ) et pendant la phase d'authentication ( pour JGenea Web ), il est permis de choisir sur quelle base de données, on désire se connecter.